Fakturą zaliczkową jest szczególny typ rachunku, który wystawia się w sytuacji zrobienia zadatku, przedpłaty, zaliczki albo raty, po uiszczeniu kwoty za powyższe. Faktury takiej nie można sporządzać później niż do siódmego dnia od zrobienia częściowej wpłaty. Za każdą następną częścią wpłaty, do siedmiu dni po, powinna iść również faktura stwierdzająca transakcję, nawet jeśli towar nie został wydany (albo usługa wykonana).
Taki rodzaj rachunków powinien składać się z:
• Wielkość sumy fragmentu albo całej należności brutto,
• Symbolu typu faktury (na przykład faktura VAT-MP),
• NIP-y obu stron,
• Wielkości naliczanego podatku i jej kwoty (podanej w PLN),
• Informacji o nabywcy oraz zbywającym (nazwy firm, adresy siedziby firm, nazwiska, imiona),
• Datę sporządzenia oraz numerację faktury,
• Jeżeli wystawione zostały wcześniejsze faktury zaliczkowe, trzeba podać ich daty oraz numery a także zsumowaną kwotę wszystkich wcześniejszych zaliczek częściowych, wyrażonych kwotą brutto,
• Dane odwołujące się do kupionego towaru albo usługi (kwota, podatek, wartość, ilość, nazwa),
• Czas otrzymania fragmentu albo całości należności, jeśli nie pokrywa się ona z czasem sporządzenia faktury.
Jeżeli wydarzy się taka sytuacja, że faktury zaliczkowe nie będą obejmować całej kwoty brutto, wtedy sprzedawca wystawia fakturę na zasadach ogólnych, po oddaniu towaru lub wykonaniu usługi. Cenę towaru lub usługi pomniejsza się jednak o dotychczasowe wpłaty fragmentarycznych należności, tak jak i wysokość pobranego podatku powinna zostać pomniejszona o wcześniej naliczony, częściowy podatek z faktur zaliczkowych. Faktura ta powinna zawierać też numery poprzedzających ją faktur zaliczkowych.
Jeśli natomiast wyniknie, że faktury zaliczkowe uwzględniały całą cenę brutto, zbywający nie wystawia faktury po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi.